实时荧光定量PCR（RT-PCR）和基因测序是最早用于确诊新型冠状病毒感染的方法。目前，针对新型冠状病毒的核酸检测主要是基于RT-PCR的方法，而基因测序的方法应用相对较少。那么，基因测序作为新型冠状病毒确诊的两种方法之一，其检测原理是什么？在新型冠状病毒鉴定中又有何优势与挑战？

　　近期，国家儿童医学中心（上海）-上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心精准医疗实验诊断中心陶悦、傅启华、莫茜等三名研究人员联合在《中华检验医学杂志》上发表了《病原宏基因组测序在新型冠状病毒检测中的应用与挑战》。

　　文章指出：病原宏基因组测序（mNGS）是目前临床上针对病原最常用的基因测序方法，是一种基于二代测序技术的无需培养、无偏好性的病原检测技术，可一次性完成细菌、真菌、病毒和寄生虫等多种病原体检测。此次疫情中，mNGS利用其技术优势，在五天内就鉴定并分析出新型冠状病毒的基因组（2003年SARS的鉴定耗时5月余、2013年H7N9的鉴定耗时1月余），为本次疫情感染病原体的进一步确认以及防控争取了时间，也为后续的临床诊断、治疗和药物研发指明了方向。此外，mNGS还可以同时对新型冠状病毒以外的其他病原及混合感染进行综合鉴定，实现对病原的“一网打尽”。但另一方面，由于mNGS操作复杂、检测时间相对较长（需要24~72小时）等原因，在新型冠状病毒的检测上无法实现大范围推广、快速诊断的目的。

　　因此，mNGS可与RT-PCR技术联合使用，实现优势互补：RT-PCR由于其检测速度快、操作流程简单、成本较低的原因，更适用于大规模的筛查中，以便快速获得是否为新型冠状病毒核酸阳性的初步证据，而对于RT-PCR检测阴性、但临床表型高度疑似的患者，利用mNGS进一步确认可有效提高检测结果的可靠性，并获得是否有其他病原体感染的信息；此外，对于RT-PCR检测阳性的样本，也可以进一步利用mNGS进行病毒全序列的分析，从而帮助获得病毒是否发生变异的信息，为疫苗、药物研发等方面提供可靠证据。